北京交通大學物流管理與工程學科源于1946年在國內首家設立的為鐵路供應物流培養管理人才的材料管理本科專業， 為鐵路的供應物流培養專業的管理人才，并先后建成了我國第一個培養物流管理人才的碩士點（1979年，物資管理工程）和博士點（1996年，物資流通工程，1997年并入管理科學與工程一級學科），是我國首家具有本、碩、博完整的物流管理人才培養體系的高校。2009年獲管理科學與工程博士后流動站，是我國首家具有本、碩、博完整的物流管理人才培養體系的學科。2007年北京交通大學物流管理本科專業被評為第一批國家級特色專業建設點。是第一個擁有中國院士的物流管理學科。
物流管理系在學術界和產業界有較大影響力，在國家物流產業政策、行業標準、區域規劃等方面有重要影響。多年來，學科為國家特別是為鐵路系統培養了大批各層次的物流管理人才，在物流管理與工程領域的研究成果卓著，為物流相關行業的發展做出了重要貢獻，在社會上享有盛譽。在第三方評價中北京交通大學物流管理本科專業多次名列前茅。
物流管理系是北京市重點學科（2002年，管理科學與工程）的主要建設單位，是國家虛擬仿真試驗中心（2015年）、物流管理與技術北京市重點實驗室（2009年）、北京市實驗教學示范中心（2008年），北京物流信息化研究基地---北京市哲學社會科學研究基地（2014年）的重要參與者。
物流管理系本著加強基礎、學科融合、創新發展和服務社會原則，明確創新型物流管理人才培養目標和“學術引領、研學互動、知行并重”的人才培養理念。在探索產-研-學互動的人才培養途徑、構建知行并重的實踐教學體系等方面取得了顯著成效。所培養的學生很多已經成為物流學科領軍學者、物業知流行名專家、物流企業高層管理者，更有上市公司負責人和各行業物流管理隊伍的中間力量。
物流管理系的研究涉及農產品、藥品、能源、交通、制造業等行業。為各級政府、企業做的研究與咨詢涉及區域物流發展戰略、物流園區規劃、物流追蹤與物流信息化、城市配送與城市物流政策。在“十二五”期間，承擔國家自然科學基金重大、重點和面上項目近20多項，歐盟第7框架項目1項以及博士點基金和北京市社科基金等省部級項目20多項。為北京市、云南省物流發展戰略及規劃所做的研究得到省委主要領導的批示。為鐵路總公司、中石油集團公司、北京市首農集團等大型國有企業提供多項物流管理咨詢研究。
物流管理系匯集了一批知名學者，擁有中國工程院院士1人、教育部新世紀人才2人，物流教學指導委員會成員1人，中國物流學會副會長1人。2011年被評為北京市優秀教學團隊。
