經濟系是北京交通大學歷史最悠久的系所之一，以馬寅初、趙傳云、蘇敬之、許慶斌、方舉、陳景艷、宋樹勛、幺培基等為代表的眾多杰出經濟學家都曾在此任教。百年交大，薪火相傳，新中國的運輸經濟學科發軔于此，成長于此，形成了以運輸經濟學為特色的產業經濟學國家重點學科。目前經濟系有教師43名，其中教授13人，國家級教學名師1名，承擔了國家社會科學基金、國家自然科學基金和大量省部級科研項目，榮朝和、趙堅、歐國立、馮華、李孟剛等撰寫的專家建議或內參得到國家領導人和政府的重視和批示，相關教師在國內外Transportation Research等頂級刊物發表論文，在重要的國際和國內會議上發表主題演講，在中央電視臺等國內外媒體發表學術見解和接受專題采訪，在國內外有著廣泛的學術影響力和社會影響力。
長期以來，經濟系教師堅持教學與科研并重，以培養人才、傳承文化、引領經濟社會發展為己任，在運輸經濟時空經濟、科技服務業與新興產業、產業組織與產業安全、國際貿易、經濟統計數量經濟、技術經濟創新經濟、區域經濟城市經濟、能源經濟環境經濟等方面形成了穩定的研究方向。經濟系設有運輸經濟理論與政策研究所、服務經濟與新興產業研究所、中國交通運輸經濟研究中心、中國技術經濟研究中心、中國城鎮化研究中心，承擔了兩個北京市科研平臺—“北京交通發展研究基地”、“北京產業安全和產業發展研究基地”的建設任務，與中國交通運輸協會共建了經濟學教學實習基地，每年舉辦“運輸與時空經濟論壇”、“產業安全與產業發展論壇”、“創新產業論壇”，其中運輸與時空經濟、科技服務業與新興產業等研究方向居于國內領先水平。
經濟系設有經濟學本科專業，是首批國家級特色專業，依托產業經濟學國家重點學科，培養具有理工基礎和運輸經濟特色的高素質經濟學專門人才，為我國的交通主管部門、交通科研機構、產業管理和研究部門、央企等各類企業輸送了大量人才，在社會上享有盛譽。試點學院加強了本碩博一體化和科教融合，開展本科生導師制和書院式培養模式探索，2013年以來經濟學專業本科生在國內外讀研深造的比率達到80%以上。經濟系招收產業經濟學、國際貿易學、經濟統計、技術經濟與管理等專業的學術型碩士研究生和應用統計專業學位碩士研究生，在應用經濟學一級學科下招收產業組織、產業結構與產業安全，運輸經濟理論與政策，區域、城市和資源環境研究，數量經濟與技術經濟等方向的博士生。百年積淀，百年樹人。經濟系全體同仁將進一步做好科研和人才培養，把經濟系建成國內一流、國際知名的經濟學重鎮。
