歷經多年發展，目前學院擁有應用經濟學、工商管理、管理科學與工程、公共管理4個一級學科。其中應用經濟學、工商管理和管理科學與工程3個學科擁有一級學科博士點及博士后流動站，均有教授入選國務院學科評議組成員。擁有1個國家重點學科產業經濟學、3個北京市重點學科應用經濟學、管理科學與工程、企業管理。擁有1個國家高端智庫“可持續交通創新中心”， 3個北京市哲學社會科學重點研究基地“北京交通發展研究基地”、“北京產業安全與發展研究基地”、“北京物流信息化研究基地”，1個北京市社會科學與自然科學協同創新研究基地“北京人文交通、科技交通、綠色交通研究基地”，1個教育部國別和區域研究中心“北京交通大學中東歐研究中心”，1個北京實驗室“國家經濟安全預警工程北京實驗室”，1個北京市重點實驗室“物流管理與技術實驗室，1個首都高端智庫“北京綜合交通發展研究院”。
學院始終瞄準國家戰略和產業發展需求，充分發揮在經濟和管理領域學科齊全的優勢，通過智力支持、人才保障和專業服務，積極服務于國家交通運輸、現代物流、資本金融、信息技術、建筑地產、旅游健康等行業發展，成為支撐和引領中國產業發展的重要力量。過去五年，學院年均科研經費近億元，在國內同類學院中名列前茅，通過重點研發計劃、國家自然科學基金、國家社會科學基金等平臺，為國家重大戰略、重大行業需求和重大基礎理論研究提供有力支撐。通過國家高端智庫、人民日報內參、教育部高校智庫專刊等智庫渠道，為北京市、中央部委等黨政部門提供重要智庫服務，其中多篇獲中央或地方領導人批示。
