2003年在學校統籌規劃下，經濟管理學院按“寬口徑、厚基礎、強能力、高素質”的培養規格定位，對經濟管理類人才的培養方案進行了修訂，重新構建了經濟管理類專業人才培養新體系。與此相應，經濟管理實驗室作為校級重點實驗室進行建設，迅速發展，先后建成了綜合運輸、物流管理與工程、信息化工程、企業管理、企業兼并重組等5個研究型實驗室和系統模擬、人機工程、物流模擬、企業信息化模擬等4個教學型實驗室。
今天的北京交通大學經濟管理實驗研究中心，是在進一步整合了原有各專業實驗室實驗資源的基礎上，形成的集學科建設、科學研究與人才培養于一體的綜合實驗中心。
2008年獲批北京市實驗教學示范中心、北京市物流管理與技術重點實驗室。2015年獲批國家級虛擬仿真實驗教學示范中心。
在學校和學院兩級領導下，實驗研究中心始終堅持理論與實踐相統一的基本教學思想，傳承“知行”校訓，在教學實踐中逐步形成了“五個結合”的實踐教學理念；不斷解放思想，與時俱進的轉變實驗教學觀念，以培養學生自主學習能力提高為根本，以實驗資源建設為基礎，以團隊建設為核心，以科學的激勵機制為保障，加強實驗教學改革，以“項目拉動”方式進行建設，現已成為研究性教學的主場所、經濟管理專業素質培養基地、高新技術的承載體，為培養自主學習能力強，適應社會與經濟發展需要，具有經營管理、創新創業、科學研究等能力的棟梁人才，提供了重要的支撐，取得了顯著效果。
目前，實驗研究中心面積達1000平方米，功能區劃分：
1、 實驗教學區（東、西）
2、 競賽研討區
3、 資源區
4、 情景仿真區
5、 物流模擬區
6、 人機工程實驗區
7、 博士生科研區
8、 資料室、研討、實驗演示區
擁有從日本購進的先進的人機工程測試系統、心理測試工作站、司機模擬操作臺，可進行多項測試實驗。此外，先后開發購置了企業資源計劃（ERP）教學軟件、外貿實務教學系統系列軟件、商業銀行模擬軟件系統、工程項目管理系列（PKPM）和審計軟件等多種課程軟件和各種經濟、財務、金融數據庫等一大批實驗教學輔助資料。配備了條碼、RFID等實驗設備及托盤、貨架、集裝箱等微縮實物模型，安裝了當前較先進的Flexsim、Lingo、Anylogic等物流管理應用與仿真軟件，自主開發了鐵路、港口物流信息系統和物流模擬系統。
經過多年建設，實驗室形成了以實驗室硬件資源平臺、數據資源平臺、工具資源平臺為支撐，圍繞鐵路、港口等交通運輸行業、區域與城市發展面臨的關鍵問題，在經濟、管理與技術領域開展科學研究，取得大量研究成果。
經濟管理實驗研究中心實行學術委員會指導下的實驗室主任負責制。采取開放式管理模式，面向校內、其它高校和科研單位開放。星期一至星期六早8 : 00 - 晚10 : 00對全校師生開放。